La diversité des labels et des appellations peut semer la confusion dans l'esprit des consommateurs. En effet, certains transformateurs ou grossistes étiquettent leurs produits comme " responsables " ou " issus du commerce équitable ", sans détenir de licence de TransFair Canada et, par conséquent, sans afficher son logo. Or, sans cela, le produit ne peut être certifié équitable.
Il faut mentionner les cas comme celui de RainForest Alliance, organisme fondé pour préserver la biodiversité des forêts. Son logo, une sympathique petite grenouille, ne peut se réclamer du commerce équitable, car il ne garantit pas de prix minimum aux producteurs, comme le fait FLO.
Bien que l'une n'exclut pas l'autre, l'appellation équitable ne veut pas forcément dire biologique, ces deux certifications étant distinctes. Le respect de l'environnement fait toutefois partie des obligations des producteurs équitables et ceux-ci sont d'ailleurs encouragés à passer à l'agriculture biologique.
Au Québec, on retrouve six logos de certification biologique : GARANTIE BIO-Ecocert, International Certification Services, OCIA QUÉBEC, OCPP/Pro-Cert Canada, et Québec Vrai.