Cette centralisation à outrance de la gestion du système de santé et de services de santé entre les mains d'une personne aura des effets pervers :
> démotivation des administrateurs et des dirigeants des CISSS, qui deviendront de simples exécutants ;
> déconnexion des CISSS des besoins spécifiques à leur région, puisqu'ils ne pourront pas réallouer les budgets en fonction de ces besoins ;
> bureaucratisation accrue. Puisque le ministre veut tout imposer et tout contrôler, on multipliera les rapports au ministre ; les postes que l'on abolira dans les agences se retrouveront ailleurs. On aura l'effet inverse du discours ;
> politisation du système. Les pouvoirs énormes que s'arroge le ministre auront pour effet de politiser davantage le système ;
> réorganisation syndicale complexe et coûteuse. Les fusions de centaines d'entités déclencheront du maraudage et des fusions d'accréditations ; une opération qui surviendra en plein renouvellement des conventions collectives des employés des secteurs publics et parapublics ;
> les patients ne pourront plus être servis dans l'hôpital de leur choix. Par exemple, un patient de la Montérégie ne pourra plus opter pour un hôpital situé à Montréal.